Hay ocasiones en las que tenemos que copiar solo la estructura de un directorio, es decir, solo las carpetas pero sin los archivos. En linux un comando para hacerlo es el siguiente:
$ rsync -a -f"+ */" -f"- *" source/ destination/
Fuente:
http://psung.blogspot.mx/2008/05/copying-directory-trees-with-rsync.html